Второй вариант выделения стволовых клеток крови осуществляется с использованием аппарата для сепарации крови в автоматическом режиме (клеточный сепаратор) - Sepax. Выглядит этот процесс так: к пакету с кровью в ламинаре присоединяют стерильный индивидуальный набор, который состоит из двух пакетов (для лейкоцитов и плазмы) и центрифужной камеры. Всю эту конструкцию загружают в аппарат Сепакс, запускают автоматическую программу разделения цельной пуповинной крови на фракции (лейкоцитов, плазмы и эритроцитов). Через 35-40 минут, в зависимости от начального объема пуповинной крови, прибор заканчивает свою работу. На выходе получают пакет с лейкоцитами (среди которых находятся стволовые клетки), пакет с плазмой и пакет с эритроцитами.
