В обычных культурах, выращиваемых в чашках с агаром, не все бактерии одинаково хорошо развивались и размножались. В результате некоторые виды микроорганизмов могли полностью игнорироваться.
Команда профессора Бидерманна из Клиники дерматологии и аллергологии Технического университета Мюнхена (TUM) разработала метод удаления ДНК нецелевых видов при помощи фермента бензоназы. Он разрушает нуклеотидные цепи на короткие фрагменты. Только живые бактерии, ДНК которых защищена внешней клеточной стенкой, не разрушаются ферментом. Бензоназа уже использовалась ранее для очистки белков.
Отбор кожных бактерий осуществлялся по тому же принципу: генетический материал из клеток кожи или мертвых бактерий расщеплялся ферментом и затем отделялся от образца.
Анализ реальных мазков с кожи был столь же успешным: в образцах не было обнаружено остаточной ДНК мертвых бактерий.
Такой подход в будущих исследованиях может использоваться для поиска микробных биомаркеров при определенных дерматологических заболеваниях, например дерматите и акне. Метод также идентифицирует бактерии, которые могут влиять на течение болезни.
Новый метод уже используется в когортных исследованиях в клинике при университете.
472
Комментарии