5050Как сообщает журнал Microbiology Resource Announcements, исследователи впервые секвенировали полный кольцевой геном Cutibacterium namnetense — представителя рода Cutibacterium, который ранее преимущественно связывали с инфекциями глубоких тканей. Его возможное участие в развитии и обострении акне остается недостаточно изученным из-за ограниченного количества выделенных и охарактеризованных штаммов.
Для исследования использовали бактериальный изолят J22/78, полученный из образца кожи лица 55-летнего мужчины из Малайзии с акне категории CASS 2. Выделенную бактериальную культуру выращивали в анаэробных условиях при температуре 37 °C в течение семи дней. После выделения геномной ДНК исследователи выполнили секвенирование на платформе Oxford Nanopore MinION.
В результате секвенирования получили 112 055 прочтений ДНК, содержащих в общей сложности около 349 млн нуклеотидов. Глубина покрытия генома достигала 145-кратного значения. Исследователям удалось собрать единую кольцевую хромосому длиной 2 401 061 пару нуклеотидов с содержанием гуанина и цитозина 60,57%. Полнота сборки по результатам анализа CheckM составила 97,45%, а по BUSCO — 91,4%.
В геноме идентифицировали 2509 генов, включая 2454 последовательности, кодирующие белки, 46 генов транспортной РНК и девять генов рибосомной РНК. Сравнение с геномами, представленными в базе данных Национального центра биотехнологической информации США (NCBI), показало 99,785% нуклеотидную идентичность с ранее охарактеризованной C. namnetense. Полученную последовательность исследователи разместили в общедоступной базе GenBank.
Авторы отмечают, что расшифровка генома создает основу для дальнейшего изучения генетических особенностей C. namnetense и ее возможного участия в патогенезе акне.
Материалы по вашим темам и с удобной частотой — в Телеграм, MAX или на почту.
